Het Amazone gebied kent de hoogste biodiversiteit op de wereld. Het Amazonegebied wordt daarom ook wel een wonder genoemd. Biodiversiteit is de totale verscheidenheid aan plantensoorten en dierensoorten in een bepaald gebied. De biodiversiteit cijfers zijn schokkend en tegelijkertijd prachtig: 

plantensoorten: 40.000
insecten, wormen en spinnen: 100.000
bomensoorten: 16.000
zoetwatervissen: 3.000
vogels: 1.300
zoogdieren: 430
reptielen: meer dan 380

 http://www.wnf.nl/nl/amazone/over_de_amazone/

Het ontstaan van de biodiversiteit van het Amazonegebied hangt samen met de vorming van het Andesgebergte. Het Andesgebergte heeft een grote invloed gehad op het Amazonegebied. Het gebergte zorgde voor een barrière waardoor er een ander klimaat ontstond. Lucht vanaf de Atlantische Oceaan met een grote vochtigheid valt allemaal als regen aan de oostkant, de loefzijde van het Andesgebergte naar beneden. Dit komt terecht in de Amazone (rivier) en zorgt voor afbraak van gesteente. Het sediment komt terecht in het Amazonegebied en dat betekent een verse bodem en dus een nieuwe voedingsbodem voor dier- en plantensoorten. Het gevolg van dit alles is een spectaculaire verscheidenheid aan platen- en diersoorten in het gebied.

Deze indrukwekkende biodiversiteit van het Amazone gebied wordt jammer genoeg bedreigd, en de grootste dreigingsfactor is de (illegale) houtkap. 
http://www.npowetenschap.nl/nieuws/artikelen/2010/november/Andes-bepalend-voor-biodiversiteit.html

Er zijn verschillende soorten houtkap, die elk op hun eigen manier effect hebben op de biodiversiteit van het gebied. 

KAALKAP: bij kaalkap worden alle bomen op een stuk land gekapt. Hierdoor ontstaat er een lege vlakte. Kaalkap wordt vaak gebruikt om een stuk bos te veranderen in plantages of een ander soort van landgebruik. Hierdoor kan een groep dieren zijn leefgebied verliezen, en kan die groep of soort helemaal verdwijnen.

CONVENTIONELE KAP: bij conventionele kap worden alle bomen gekapt die commercieel aantrekkelijk zijn. Deze vorm van houtkap zorgt voor schade aan de bodem en de vegetatie is het tropisch regenwoud. Dit kan leiden tot erosie en heeft ook een groot negatief effect op de biodiversiteit. Het negatieve effect op de biodiversiteit wordt veroorzaakt doordat dieren en planten verdwijnen uit het gekapte gebied, simpelweg omdat er hierdoor geen levensmogelijkheid is voor de dieren en planten.

SELECTIEVE KAP: bij selectieve houtkap wordt de schade zoveel mogelijk beperkt. Per hectare wordt maar een beperkt aantal bomen weggehaald. Er worden allerlei maatregelen genomen om de schade te beperken (smalle wegen aanleggen, bruggetjes bouwen). Het bos kan blijven bestaan door natuurlijke verjonging door jonge bomen die voor de kap al opkwamen.

VERANTWOORDE KAP: bij verantwoorde kap lijkt voor een groot deel op selectieve kap maar bij verantwoorde kap worden er meer ecologische en sociale eisen gesteld. Het behoud van het bos en zijn biodiversiteit wordt bij verantwoorde kap het beste nageleefd.  
http://www.google.nl/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=12&ved=0CGsQFjAL&url=http%3A%2F%2Fassets.wnf.nl%2Fdownloads%2F3617_wnf_mensapen_en_fsc_nl_v51.pdf&ei=toYFVbOvG8v1UMiYhMgF&usg=AFQjCNFn4lzJuQi9XLI_V0_Ki-ReWmXSOg&bvm=bv.88198703,d.d24

Het probleem in het Amazone gebied is dat de houtkap vooral bestaat uit commerciële houtkap en ook voor een erg groot deel uit illegale houtkap. Hierbij wordt dus geen rekening gehouden met het in stand houden van de biodiversiteit die het tropisch regenwoud kent. 

Soorten verliezen hun leefomgeving en kunnen voor een deel, of zelfs helemaal uitsterven.